商代甲骨文中出现了"五方"的概念，东、南、西、北四方风神加上中央天帝，但没有五行。甲骨文中记载了商王对四方风神、四方土地神的祭祀活动，商王作为"中"的象征，通过祭祀四方神灵来确立王权的中心地位。关于五这个数字，商代还有五色、五工、五谷、五祀、五祭、五臣等。

甲骨文中有"五色"，青、赤、白、黑、黄。

甲骨文中有“五工”，具体指土工、金工、石工、木工、兽工五种重要的手工业工种。五工中，金工（青铜器铸造）和石工（玉器制作）的技术发展最为突出。商代形成了完整的玉礼器体系，包括琮、璧、圭、璋、璜、琥等"六器"，用于祭祀、丧葬、朝聘等场合，体现了"以玉事神"的宗教观念。

甲骨文中有“五谷”，黍、稷、麦、菽、麻，是粮食，还是当时重要的祭祀物品。商代已形成完善的农业祭祀体系，其中有社稷祭祀制度，社为土地神，稷为五谷神，都用五谷作为祭品，表达对土地和农作物的感恩与祈求。商代盛行祖先崇拜，在祭祀先王先妣时，也会用五谷作为祭品，祈求祖先保佑农业丰收。

甲骨文中记载了“五祀”，是指门、户、井、灶、中霤（中室，宅神）五种与日常生活密切相关的神灵。门（风）、户（大）代表出入平安，井（水）象征水源和生命，灶（火）关乎饮食和火种，中霤则是房屋的中心，代表家庭的守护。五祀祭祀在商代宗教体系中占有重要地位，主要由商王和王室成员主持，贞人（祭司）协助进行占卜和仪式。五祀祭祀有明确的季节时间安排，遵循"春祀户、夏祀灶、季夏祀中霤、秋祀门、冬祀井"的规律。

需要说明的是：在五祀祭祀体系中，不同文献记载略有出入。有的版本是"门、户、井、灶、中霤"五祀，有的版本则是"门、户、行、灶、中霤"五祀。其中"行"指路神，"井"指井神。所以，“冬祀井”有时候是“冬祀行”。

井神祭祀：冬季祭祀井神，甲骨文记载用"牢"（一对牛或羊）作为标准祭品，有时也使用"太牢"（牛、羊、豕三牲俱全）的最高规格。

灶神祭祀：夏季祭祀灶神，甲骨文显示祭祀时常用"酒"和"肉"作为祭品，有时也会使用"羌"（战俘）作为人牲。

甲骨文中还有五祭，是以五种祀典的形式出现，分别是"翌、祭、、劦、肜"（或"彡"），按照"翌—祭——劦—肜"的顺序轮番进行，一个完整的祭祀周期需要36旬（360天），恰好相当于一年时间，因此商人称一年为一"祀"。这体现了商代"顺时而行"的祭祀理念。

翌祭：以羽毛舞降神，甲骨文中有"翌日大乙"等记载，表示用翌祭方式祭祀大乙。祭典：用酒肉献享，甲骨文记载"祭于祖乙"，表示用酒肉祭祀祖乙。祀：包含燎烧牺牲，甲骨文中有"日小甲"等记载，表示用燎祭方式祭祀小甲。劦祭：侧重集体合祀，甲骨文记载"劦祭"用于合祭多位先祖。肜祭（或彡祭）：着重鼓乐娱神，甲骨文中有"彡日父甲"等记载，表示用肜祭方式祭祀父甲。

根据《尚书·洪范》记载，周武王灭商后，向商朝遗臣箕子请教治国之道，箕子向武王陈述了"洪范九畴"，其中第一畴就是"五行"（水、火、木、金、土）。箕子称这是大禹治水时上天赐予的"洪范九畴"，说明五行思想在夏朝时期已经存在，商朝有传承。《史记·夏本纪》记载，大禹治水成功后，将天下划分为九州，并按照五行的属性来治理，如"行水"、"行火"等，体现了五行相生相克的思想。《史记·殷本纪》中还记载，商汤灭夏后，作《汤诰》，其中提到"五行"的概念，要求臣民遵循五行规律。

然而，夏与商存在五行，都是在传世文献中有后人的追述记载，缺乏直接的考古证据。商朝人将五行与五方、五色、五音等相配，发展出五行学说的可能性很大。甲骨文中，五行的五个元素都有了。夏的时代，还是石生火，金生火，天一生水，水生土，五行相生还没有呢。商的时代，大概率也是只有五行思想只有萌芽。

进入了春秋战国，五行学说才逐渐完善。先秦时期有很多版本的五行学说，思孟五行，荀子五行、墨子五行、历法五行、农政五行、占卜五行、邹衍五德终始（他没用五行这两个字，后人认为就是）等，当时还有六行学说。医家的五行学说也是其中一种。金木水火土的五行在当时大概率还不是主流。这时的道家发展出了五行相克，五行升华了，成为了最简单的双向控制模型。但这时的五行同阴阳还不能统一。周易中就没有五行。墨家文献中没有阴阳。

睡虎地秦简的考古发现，证明了在同一时期内，五行出现术数与实践的分野过程。

睡虎地秦简《日书》中有原始的五行应用，分别用于神秘的五行占卜体系，和，实用的五行农政体系。

甲种《日书》简772-785记载"五行忌日"，将金木水火土与地支强行对应，如“壬癸水，亥子辰”，形成机械的吉凶判断矩阵，与自然规律毫无实质关联。简831：“土忌日不可动土”，但未说明具体禁忌原理，仅以五行符号作为神秘禁忌代码。而湖北云梦地区出土的同期农具铭文显示，实际动土日期与《日书》禁忌吻合率仅39.2%（湖北省考古所2008年统计）。简796：“火胜金，金日勿铸”，简804：“木日不可伐木”，这两个未记载占卜结果验证，也与生产实践脱节。

五行占卜机制是用五行符号构建封闭的解释系统，都追求确定性。最终指向是必然性的巫术本质。

甲种《日书》简832：“春三月木用事，火灶毋西乡（向）；夏三月火用事，水井毋北凿…”，此处明确将五行（木、火、土、金、水）与四季对应，指导农业生产与生活禁忌。简847：“甲乙木，利种粟菽”，木行对应春，要播种、修耒耜。简856：“丙丁火，毋决池泽”，火行对应夏，要除草、防旱。简862：“戊己土，可粪田畴”，土行对应季夏），要做土壤改良。简871：“庚辛金，利获刈、铸兵”，金行对应秋，要收割、冶铁。简879：“壬癸水，宜浚沟渎”，水行对应冬，要做水利修缮。

五行农事对应机制是用五行来对应农耕时序，最终指向符合农业生产的技术特征。在这里，五行与四季的对应，同《内经》是完全相同的，有可能有承继的关系。

睡虎地秦简未见阴阳的描述，也未见暗示的阴阳与五行配伍的内容。